中国科学院文献情报中心现主办15种期刊,包括院中心12种期刊:《图书情报工作》《知识管理论坛》《化学进展》《数据分析与知识发现》《中国生物工程杂志》《科学观察》《电子政务》《数据智能(英)》《智库理论与实践》《中国科技期刊研究》《高科技与产业化》和《数据与情报科学学报(英)》;武汉文献情报中心1种期刊:《长江流域资源与环境》;成都文献情报中心2种期刊:《天然产物研究与开发》和《世界科技研究与发展》。
Science Citation Index(SCI)期刊:《化学进展》;
Emerging Sources Citations Index(ESCI)期刊:《数据与情报科学学报(英)》;
《中文核心期刊目录总览》(北大核心)期刊:《图书情报工作》《中国科技期刊研究》《化学进展》《中国生物工程杂志》《天然产物研究与开发》和《长江流域资源与环境》;
《中文社会科学引文索引》(南大核心)期刊:《图书情报工作》《数据分析与知识发现》《中国科技期刊研究》《电子政务》和《长江流域资源与环境》。